Enkele uitdagingen voor familiebedrijven zijn:

• Kunnen omgaan met globalisering en digitalisering, op een manier dat je relevant en rendabel blijft in de toekomst, is een zeer grote uitdaging voor familiebedrijven.
• In staat zijn om in het bedrijf de juiste mensen op de juiste positie zetten, met een taakverdeling en organogram dat duidelijk is en voor alle medewerkers perspectieven biedt. De war on talent geldt in alle bedrijven waarbij het niet zozeer gaat om goede mensen aan te trekken maar vooral ze te kunnen houden en laten doorgroeien.
• Een bijkomende uitdaging is het inpassen van (schoon)familieleden in het organogram, zonder afbreuk te doen aan de professionaliteit van het bedrijf. 
• In de ruimere zin is het een enorme uitdaging om de familieleden, zeker vanaf de derde generatie, op te voeden en op te leiden tot duurzame aandeelhouders die empatisch met elkaar kunnen omgaan en met verantwoordelijkheid hun rol als actieve of passieve vennoot kunnen opnemen. Het gaat er daarbij niet om te zien wie CEO wordt of in het bedrijf komt; wel dat elk van hen zich goed voelt in zijn vel en rol en verantwoordelijkheid opneemt als aandeelhouder of certificaathouder. In de tweede generatie (partnership of siblings, broers en zusters) gaat dat iets makkelijker omdat ze uit hetzelfde nest komen. Vanaf de derde generatie (association of cousins, neven en nichten) is dit veel complexer en delicater omdat ze uit verschillende takken komen en elkaar vaak minder goed of intiem kennen. Daar is de uitdaging enorm en zonder gestructureerde en goed begeleide aanpak loopt het daar zeer vaak fout. 
• Niet enkel het managen van het familiebedrijf, maar ook de familie op zich is een complex systeem dat veel aandacht vergt. Daarom is een groeiproces als familie naar transparantie en communicatie essentieel. 
• Afspraken die uit dat proces of traject voortvloeien kunnen dan worden vastgelegd in een familiecharter. Dit is een dynamisch document dat het resultaat is van doordachte gesprekken met elkaar, en dat regelmatig moet worden herbekeken en waar nodig aangepast. De uitdaging hier is om niet in de val te trappen van het kant en klare familiecharter waar geen grondig proces aan voorafgaat: dergelijk charter is een illusie, die slechter is dan geen charter te hebben.

Dit zijn de belangrijkste valkuilen voor familiebedrijven:

• Enkel bezig zijn met bedrijf, en denken dat de familie wel zal volgen en onder controle is.
• Top down leadership waarbij de ouders dicteren of minstens erg sturen wat er moet gebeuren met de kinderen, kleinkinderen en andere familieleden
• Ouders die niet luisteren en denken dat ze wel weten wat de kinderen of kleinkinderen nodig hebben of wat goed voor hen is. 
• Een groot ego van vele bedrijfsleiders of eigenaars van familiebedrijven, met gebrek aan zin voor zelfreflectie en zelfkritiek, is ook een aspect waarmee men in het familiebedrijf rekening moet houden. 
• Conflict vermijdende mentaliteit, struisvogelpolitiek, keeping up appearances: Schrik om het gesprek aan te gaan: schrik van de emoties, zich niet kwetsbaar durven opstellen, schrik om een doos van pandora open te doen, de realiteit niet durven onder ogen zien. Men maakt zichzelf graag iets wijs: alles gaat goed, wij zijn anders, beter, harmonieuzer (cf. Hyacinth Bouquet). Men heeft het zeer moeilijk om de issues transparant te benoemen, laat staan er iets aan te doen.
• Er wordt vaak gedacht dat alles met een paar gesprekken wel zal lukken: hier wordt niet beseft dat familiale harmonie een lang groeiproces is waar hard aan gewerkt moet worden, en dat elke dag opnieuw. Daarvoor kan, wilt of durft de organisatie vaak niet de nodige tijd en energie opbrengen.